اردشیر ۷ ساله بود که خبر دادند پدرش فوت کرده‌است. وی از سیزده سالگی شروع به کار کردن کرد و در کنار کار، فوتبال نیز بازی می‌کرد.
در سال ۱۳۶۰ امیر به تیم ملی جوانان دعوت شد که نمایش قابل قبولی هم از خود ارائه کرد و در اسفند ۱۳۶۰ از تیم راه آهن به شاهین رفت. شاهین در آن زمان ملی پوشان زیادی داشت. او اواسط لیگ سال ۶۶ پس از پیروزی ۲ بر صفر برابر پرسپولیس، شاهین را ترک کرد و به السد قطر رفت.
امیر زمستان ۱۳۶۷ به تهران بازگشت و این بار سراغ باشگاه استقلال تهران رفت، پای میز قرارداد نشست و پیراهن آبی را بر تن کرد.
اولین بازی وی به عنوان بازیکن استقلال در ۱۹ اسفند سال ۱۳۶۷ مقابل پرسپولیس رقم خورد. این بازی که در مرحله یک چهارم نهایی جام حذفی برگزار می‌شد به پنالتی کشیده شد و اردشیر پنالتی‌اش را از دست داد.
این بازیکن خلاق تا پایان دوره بازیگری‌اش تنها ۱۹ بازی ملی انجام داد که اتفاقاً ۱۸ بازی آن در سن ۳۰ سالگی به بعد رخ داد. امیر اولین‌بار توسط ناصر ابراهیمی در سال ۱۳۶۴ به تیم ملی ب دعوت شد.
او در اردیبهشت سال ۱۳۶۵ همراه تیم ملی به چین سفر کرد و اولین‌بار پیراهن تیم ملی الف را بر تن کرد اما تا سال ۱۳۷۲ هیچگاه مجدداً به تیم ملی فراخوانده نشد. در کارنامه ملی قلعه نویی تنها یک گل زده آن هم به کویت دیده می‌شود.
او در سال ۱۳۶۸ دچار مصدومیت شدیدی شد و بار دوم در سال ۱۳۷۳ مصدومیت جدی را تجربه کرد.
وی سابقه مربیگری در تیم‌های برق تهران، کشاورز، استقلال اهواز و استقلال تهران را دارد.
پس از قهرمانی استقلال تهران با قلعه نویی در سال ۱۳۸۵ و نتایج ضعیف تیم ملی ایران در مسابقات جام جهانی ۲۰۰۶ و از طرفی خاتمه همکاری ایران با برانکو ایوانکویچ، شرایط تازه‌ای برای قلعه نویی مهیا شد.
او به عنوان سرمربی تیم ملی انتخاب شد و همزمان در ادواری پست‌های مدیرفنی و رئیس سازمان فوتبال استقلال تهران را نیز بر عهده داشت. تیم ملی ایران با حضور او روی نیمکت در مسابقات جام ملت‌های آسیا (۲۰۰۷) با ضربات پنالتی مغلوب تیم ملی کره‌جنوبی شد و از این رقابت‌ها دست خالی بازگشت.
در سال ۲۰۰۷ وی کاندید کسب بهترین مربی سال آسیا شد. قلعه نویی از استقلال به سپاهان رقت و پس از قهرمانی سپاهان این تیم را ترک کرد و در سال ۱۳۹۰ به تراکتور سازی تبریز پیوست.
قلعه نویی در خرداد ۱۳۹۱ دوباره سرمربی استقلال شد. او دوباره در تیر ماه ۹۴ سر مربی ملوان بندر انزلی شد
امیر قلعه نویی در مرداد ۱۳۹۴ پس از دو بازی لیگ برتر به دلیل عدم توافق با مدیران ملوان از سرمربیگری در این تیم کناره گیری کرد. قلعه نویی در دو دیدار ابتدایی فصل نیز روی نیمکت ننشست. او سپس برای دومین بار سر مربی تراکتور سازی شد.
خرداد ۱۳۹۶ امیر قلعه‌نویی با عقد قرارداد یک ساله به ذوب‌آهن اصفهان پیوست.
قلعه نویی پس از کسب عنوان نایب قهرمانی با ذوب آهن از این تیم جدا شد و در اول خرداد ماه ۱۳۹۷ با تیم فوتبال سپاهان اصفهان قرارداد منعقد کرد.
